Les lazaristes à Valfleury 1687-1903
L’arrivée des Prêtres de la Congrégation de la Mission ouvrit une période nouvelle d’intense piété. A cette époque vint s'établir près du sanctuaire Catherine Phélis (1664-1705), qu'on appela « la Sainte de Valfleury ». On la considéra comme une devancière, par sa vie remplie d’épreuves et de souffrances, de l’œuvre de la Sainte Agonie.
Au XVIII siècle, on commença sur l’emplacement de l’ancien cloître la construction d’un couvent. Les pèlerinages arrivaient nombreux. Des miracles se produisaient fréquemment que l’on consignait sur un registre avec la signature des témoins. Ce registre fut brûlé par les bandes de la Révolution sur le pont qui était à l’entrée du village.
La Révolution prononça la dissolution des Congrégations en 1792. Trois des missionnaires de Valfleury furent arrêtés. L’un d’eux mourut en prison, un autre fut condamné à mort et exécuté. A Valfleury presque tout fut mis en pièces et brûlé. Grâce à la vigilance de Frère Pierron, la statue de Notre-Dame fut sauvée de la destruction.
En 1802, le culte était rétabli à Valfleury et la statue de Notre-Dame réinstallée sur son autel.

Le XIXè siècle fut pour le sanctuaire marial un siècle de splendeur. En 1809, Valfleury devint une paroisse. En 1840 le Supérieur M. Lugan, qui resta vingt-huit ans, entreprit la construction de la belle église que nous admirons aujourd’hui. Son successeur M. Nicolle acheva la nef et la façade de l’église qui fut consacrée le 29 mai 1866 par le Cardinal de Bonald, archevêque de Lyon ; la cérémonie fut splendide, une foule immense assistait à la fête.

Ses successeurs firent les derniers aménagements. Un Calvaire monumental, avec chemins en lacets fut construit pour les pèlerins. On commença aussi les travaux du Rosaire et à l’endroit vénéré sous le nom de « Chaise de la Vierge » on éleva une statue monumentale de la sainte Vierge. Pendant toute cette période, de nombreux miracles vinrent récompenser l’ardente foi de ceux qui vinrent prier Notre-Dame de Valfleury.